MTs GUPPI Selajambe merupakan lembaga pendidikan tingkat lanjutan pertama yang berada di bawah naungan pada saat itu Departemen Agama saat ini berubah nama menjadi Kementerian Agama. Sekolah ini berdiri pada tahun 1985 yang diperakarsai oleh Yayasan Gabungan Usahan Perbaikan Pedidikan Islam (GUPPI). Dimana pada saat pendirian sekolah tersebut yang menjadi ketua yayasan adalah Hasan Buchori. Pada saat pertama kali berdiri yang menjadi kepala sekolah adalah Yusuf, S.Ag dan yang menjadi dewan guru adalah H. Suhenda, S.Ag., Djukari, S.Pd., Ahmid, S.Pd., Siti Fatonah, S.Ag., Dastam HD., Karsum, S.Ag., Suarningsih, S.Pd. Iwan Suherman, S.Ag. Sedangkan yang menjadi ketua komite adalah Sakuri.
Pada saat pertama kali berdiri MTs GUPPI Selajambe didirkan di Dusun Ciawi, dimana pada saat itu sekolah tersebut ikut ke MI GUPPI Selajambe yang bertempat di Dusun Ciawi. Mengingat peminat yang ingin melanjutkan sekolah ke MTs GUPPI Selajambe meningkat maka diperlukan sebuah bangunan dan di Desa Ciawi tidak terdapat lahan yang disediakan untuk kedudukan bangunan sekolah. Atas jasa bapak Taslam sebagai Kepala Desa Selajambe maka disediakannya lahan yang bertempat di Dusun Selajambe. Kemudian setelah menginjak usia 1 tahun, maka sekolah tersebut pindah pindah ke Dusun Selajambe.
Adapun yang menjadi pelopor pendiri MTs GUPPI Selajambe adalah Yusuf, S.Ag., H. Suhenda, S.Ag., Ahmid, S.Ag. dan Djukari, S.Pd. serta dibantu oleh Miskandi, S.Ag., Iwan Suherman, S.Ag, dan Taslam sebagai Kepala Desa Selajambe yang telah memberikan tanah.
MTs GUPPI Selajambe pernah dipimpin oleh beberapa kepala madrasah yakni:
1. Yusuf, S.Ag. Periode 1985 – 2005
2. Hadili Hasibuan, S.Ag. Periode 2005 – 2017
3. Fitri Harianingsih, M.Pd. 2017-2021
4. Nurdin, S.Pd.I 2021 - sekarang
